هدف از این مطالعه بررسی میزان تأثیر و سهم زیرحوضه ها در افزایش شوری (TDS) رودخانه اصلی و تعیین محلهایی است که تغییر کیفیت اتفاق میافتد با توجه به اینکه حوضه آبریز رودخانه میمه فاقد ایستگاه های هیدرومتری کافی بوده و ایستگاه های هیدرومتری موجود صرفاً بر روی رودخانه اصلی واقع شده اند، مدلSWATجهت محاسبه بیلان آب و میزان آورد زیر حوضه ها توسعه داده شد. سپس بدلیل آنکه نسخه اصلیSWAT قادر به مدلسازی شوری منابع آب نیست، جهت بررسی میزان شوری و بیلان نمک زیرحوضه ها و بازه های رودخانه اصلی از داده های میدانی و محاسبات بار نمک سرشاخه ها استفاده گردید. تحلیل حساسیت، واسنجی و اعتبار سنجی مدل با استفاده از نسخه دوم الگوریتم کالیبراسیون مبتنی بر عدم قطعیت(SUFI2) انجام شد. نتایج محاسبه بار شوری حوضه و 10 زیرحوضه برای سال آبی 2019-20 نشان می دهد که سالانه 1.400.000 تن املاح از حوضه خارج خواهد شد. و از نظر میزان آورد نمک به ترتیب زیرحوضه های قدح، سیول و میمه میانی که معادل 30% مساحت حوضه می باشند، بیش از 75% بار نمک تولیدی حوزه را به خود اختصاص داده است. زیرحوضه میمه میانی با تولید سرانه 23 تن املاح به ازای هر هکتار در سال و سپس قدح و سیول در پایین دست حوضه بیشترین نقش را در افزایش املاح و زیر حوضه های شهرمیر با آورد سالیانه 0.94 تن به ازای هر هکتار در سال و سپس زرآب و سراب میمه در بالادست حوضه کمترین نقش را در شور شدن آب رودخانه دارا می باشند.